KNS032 Emotional Verdoktorarbeiten

Was man in einem Jahr so alles schaffen kann! Zum Beispiel zwei Doktorarbeiten abgeben. Wir berichten ein bisschen von dem Prozedere und unseren Forschungsergebnissen. Ob wir es schaffen, uns so langsam wieder ins Verpodcasten von Wissenschaftsnachrichten reinzufinden, dürft ihr entscheiden!

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Sendungsnotizen

Doktorarbeiten abschließen #

 Das Ende des p-Werts? #

  • Wasserstein RL, Lazar NA. The ASA’s statement on p-values: context, process, and purpose. The American Statistician. 2016; 129–133. doi:10.1080/00031305.2016.1154108
  • p-Werte sind problematisch, aber weit verbreitet: “We teach it because it’s what we do; we do it because it’s what we teach.”
  • schließende Statistik: Annahmen über die wahren Werte der Grundgesamtheit treffen
  • Test-Theorie kann Aussagen über den “Wahrheitsgehalt” dieser Hypothesen treffen
  • In der Test-Theorie gibt es zwei wichtige Arten von Fehlern:
    • alpha-Fehler: Verwerfen der Nullhypothese, obwohl diese der Wahrheit entspricht (false-positive) -> alpha-Schwellwert
    • beta-Fehler: Beibehalten der Nullhypothese trotz Nicht-Zutreffen
  • Was ist die Kritik der ASA am momentanen Verhalten von Wissenschaftlern, und der Nutzung des p-Wertes?
    • 1) P-Werte können aufzeigen, wie wenig kompatibel die erhobenen Daten mit den zugehörigen Tests sind.
    • 2) P-Werte verdeutlichen nicht die Wahrscheinlichkeit, dass eine Hypothese wahr oder falsch ist.
    • 3) P-Werte sollten nicht die Grundlage für Schlussfolgerungen, oder politische Entscheidungen sein.
    • 4) Saubere Deduktion erfordert saubere Dokumentation.
    • 5) P-Werte messen nicht die Größe eines Effektes.
    • 6) Ein P-Wert ist keine gute Messgröße für den Beweis eines Modelles, oder einer Hypothese.
  • Robert McGill, John W. Tukey, Wayne A. Larsen (1978) Variations of Box Plots (The American Statistician) DOI: 10.1080/00031305.1978.10479236

Organe patchen mittels CRISPR/Cas9-Multiplexing #

  • Luhan Yang, Marc Güell, … George Church (2015) Genome-wide inactivation of porcine endogenous retroviruses (Science) DOI: 10.1126/science.aad1191 (via)
  • endogene Retroviren (ERV) erschweren Transplantation von Schweineorganen (siehe KNS019: Blutleererer, unterkühlter, metabolischer Stillstand)
  • nicht rauszüchtbar; in vivo Übertragbarkeit unklar
  • Risiko: Insertion der ERVs in Gene des Transplantatempfängers
  • Sequenzanalyse => 62 virale reverse Transkriptasen im Genom einer Schweinenierenzelllinie
  • 2 gRNAs gegen konservierte, katalytische Zentren der viralen Gene => max. 37% ERVs editiert
  • FACS nach hocheffizient editierbaren Ausgangszellen => Wiederholung der Cas9/gRNA-Behandlung => mehrere Klone mit 100% zerstörten RTen
    • Karyotypisierung => keine Chromosomenveränderungen oder -instabilitäten
    • keine detektierbare RT-Aktivität in vitro
    • Sequenzierung menschlicher Nierenzelllinie (Wildtyp: 1 ERV pro Zelle) nach Kontakt mit den porzinen (editiert vs. Wildtyp): max. 1‰ Infektionsrate, teilweise keine messbaren ERV-Sequenzen aus den 100% Editierten
  • statt Zelllinien verschiedener Organe: editierte Zelle klonen oder Keimbahn editieren => neue Schweinerasse?

Nachträge zu KNS027 #

Nachtrag zu KNS030 #

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10 Gedanken zu „KNS032 Emotional Verdoktorarbeiten

    1. Katrin

      Hallo :-) Die Pilz-Insekten-Interaktion hatten wir ja schon. Was der Herr da erforscht hat, klingt logisch. Dass er aber damit ins Haifischbecken springt, macht den Rest der Geschichte tragisch vorhersehbar. “Vorbeiwandern & selber-Umsetzen statt Reinspringen & Verkaufsverhandeln” sollte IMHO die Devise für Tüftler*innen sein.

      Aber das wird realistisch gesehen keine große Firma vernichten. Das können IMHO eher die Endkonsumenten erreichen, wenn sie beim (am besten Klein-)Händler nachfragen, wie ihre Nahrungsmittel erzeugt wurden. Bio und/oder regional sind ein guter Anfang. Über den Markt zu schlendern macht (außer im Winter) auch mehr Spaß, als im Supermarkt an der Kasse zu stehen ;-)

      Antworten
  1. Matthias

    Hallo Ihr beiden, schön mal wieder von Euch zu hören. Und vor allem viel Erfolg mit den Doktorarbeiten. Ihr kriegt das sicher locker hin. Wo Ihr gerade von wissenschaftlichen Arbeiten und deren Publizierung gesprochen habt: Was meint Ihr eigentlich zu der Situation, in der sich die Wissenschaft bzw. Universitäten befinden, nämlich, dass die öffentlichen Unis ja staatliche Gelder für die Forschung erhalten, die erzielten Resultate aber nicht der Öffentlichkeit so ohne weiteres zugänglich sind? Stattdessen werden diese in Fachzeitschriften publiziert, wofür die Uni oder der Wissenschaftler sogar noch etwas zahlen muss – der Konsument natürlich auch – und noch dazu fachliche Zweit- und Drittprüfer-Meinungen eingeholt werden müssen (wobei ich jetzt nicht weiß, ob die auch etwas dafür erhalten). So scheint sich wohl leider in der Wissenschaft das gleiche abzuzeichnen, wie in den “normalen Medien” schon seit einer ganzen Weile: Interessant ist, was berichtet wird, und nicht, was wirklich interessant ist. Denn dort haben wieder die renommiertesten Zeitschriften den Hebel in der Hand, was sie veröffentlichen wollen. Zudem zahlt der Steuerzahler, der daran interessiert ist, ja sogar zweimal. Sehe ich das falsch oder ist das wirklich so eine Krux zur Zeit?

    Mir fiel beim Hören noch auf, dass Ihr in der Zeit ca. 1:15h – 1:25h klingt, als wäret Ihr auf Valium gewesen. Ist da die Tonspur verlangsamt worden? Ist das vielleicht nur ein Problem in der mp3-Variante? Klingt zumindest recht komisch.

    Antworten
    1. Katrin

      Hallo Matthias,

      Zum Valium: https://twitter.com/KonSciencePod/status/781172236698943488 ;-)

      Zu den Zeitschriften: Ja, voll Moppelkotze. Und es funktioniert nur, weil so viele mitmachen (zumindest meiner Erfahrung in den Naturwissenschaften nach). Böse Zungen behaupten, dass wir sogar fünfmal zahlen: Die Wissenschaftler_innen, die Gutachter_innen, Editor_innen der Journale, für die Journalabos der Bibliotheken, und dann noch individuell, wenn wir mal ohne Bib-Zugang auf einen Artikel zugreifen möchten.

      Ich halte es für so halb verwerflich, closed access zu publizieren. Bei meiner ersten Mitautorenschaft konnte ich das Journal leider nicht aussuchen, und nach einem Jahr fiel der Artikel in deren Bezahlarchiv. Die anderen beiden “eigenen” bleiben soweit ich weiß Open Access. Aber wie bei EULAs / AGBen / ToS habe ich mir ehrlich gesagt auch nicht alles Kleingedruckte durchgelesen :-/

      Die ganzen Open-Access-Strategien & Richtlinien gehen aber in die IMHO richtige Richtung. Was zu fehlen scheint, ist der politische Mut die technologisch überholten Geschäftsmodelle der (wissenschaftlichen) Verlage beizeiten auch mal platt zu hauen. Ich frage mich jedenfalls auch, ob die Arbeit der tatsächlich angestellten Leute bei den Verlage und der out-gesourcten Word-zu-LaTeX-Konvertierer_innen überhaupt noch menschenwürdig ist? Dürfte zudem fast komplett automatisierbar sein, siehe z.B. JOSS und z.B. LeanPub & Bookdown für Bücher. Wenn die Autoren sich von MS Word losreißen würden. Womit wir wieder bei “weil so viele mitmachen” wären.

      Ich bin aus der Mühle raus, aber Mariëlle kann sicher noch mehr dazu erzählen.

      Viele Grüße!

      Antworten
  2. Johannes Ammon

    Also, der Teil zu den Organtransplantationen ließ mir ein bisschen die Haare zu Berge stehen.
    Dass ein großer Mangel an Spenderorganen besteht, wird nie die Entscheidung über eine Todesfeststellung beeinflussen. Auch nicht, dass ein potentieller Spender gut zu einem möglichen Empfänger “passt”. Und zwar nicht, weil das nicht sein darf und deshalb keiner zugeben dürfte, wenn das doch so wäre. Sondern weil es von den Strukturen her so nicht funktioniert.

    Ich muss wohl erzählen, wie so eine Organspende tatsächlich abläuft: Ein Patient erleidet einen Hirntod z.B. durch einen Unfall oder einen schweren Schlaganfall. D.h. die Hirnfunktionen sind irreversibel ausgefallen, aber das Herz schlägt noch und durch künstliche Beatmung werden noch alle Organe mit Sauerstoff versorgt. Der behandelnde Intensivmediziner (z.B. ich) stellt durch Tests fest, dass möglicherweise ein Hirntod vorliegt. Sollte die Möglichkeit einer Organentnahme bestehen (nicht allzu hohes Lebensalter, keine schwere Infektion oder aktuelle Tumorerkrankung etc.) läuft die komplexe Prozedur der Hirntodfeststellung an.

    Dazu holt er sich einen weiteren, neurologisch oder neurochirurgisch orientierten Intensivmediziner hinzu der ebenfalls nicht mit dem organ-entnehmenden oder transplantierenden Team in Verbindung stehen darf. Beide stellen nach einem detailliert festgelegten Kriterienkatalog und durch apparative Zusatzuntersuchungen den Hirntod des Patienten fest.

    Danach spricht man erstmals mit den Angehörigen über eine mögliche Organentnahme. Die Deutsche Stiftung Organtransplantation empfiehlt zurecht, dieses Thema erst anzuschneiden, wenn der irreversible Tod des Patienten feststeht, damit der Arzt oder die Ärztin sich nicht dem Verdacht aussetzt, die Möglichkeit einer Organspende hätte Einfluss auf die Behandlung.
    Im Gespräch mit den Angehörigen ist ein Organspendeausweis ein sehr starkes Argument, weil er den Willen des Verstorbenen dokumentiert; aber letztlich wird man wahrscheinlich nicht gerne eine Organentnahme gegen den ausdrücklichen Willen der Angehörigen durchführen.

    Wir haben nicht das Problem, dass evtl. Ärzte es nicht erwarten können, bis ein Patient stirbt, um seine Organe transplantieren zu können. Im Gegenteil, es sterben immer wieder Patienten, die die Voraussetzungen für eine Organentnahme haben, die bzw. deren Angehörigen damit auch einverstanden wären, und die dennoch nicht bei der Deutschen Stiftung Organtransplantation gemeldet werden, weil die Ärzte es nicht wollen, den zusätzlichen Aufwand scheuen oder nicht auf die Idee kommen. Die Ärzte, die diesen ganzen Prozess anstoßen müssen, haben in ihrem Alltag nichts mit der weiteren Verwendung der Organe zu tun. Wir bekommen – wenn es gut läuft – hinterher ein freundliches Schreiben der DSO, in dem berichtet wird, wie vielen Leuten mit den verschiedenen Organen geholfen werden konnte. Man entwickelt auf einer “normalen” Intensivstation auch keine Routine in solchen Dingen, weil diese Fälle eben selten sind. Auf neurochirurgischen Intensivstationen, wo die ganzen Unfallopfer mit Kopfverletzungen landen, mag das anders aussehen. Aber auch dort geht die Initiative zur Hirntoddiagnostik von den Neurochirurgen oder Anästhesisten aus, die gerade noch versuchten den Patienten zu retten, und nicht von Transplantationsmedizinern, die auf der Suche nach Spenderorganen sind.

    Erst wenn der Hirntod eindeutig festgestellt ist, holt man von den Angehörigen das Einverständnis zur Organentnahme ein und verständigt dann die Kollegen, die sich mit dem ganzen weiteren Ablauf auskennen. Erst dann stellt sich in der immunologischen Diagnostik heraus, zu welchen Empfängern die zu spendenden Organe passen könnten.

    Das heißt alles nicht, dass bei der Organspende immer alles korrekt läuft. Die Mauscheleien mit den Empfängern auf der Warteliste habt Ihr angesprochen. Und das ist ausreichend Anlass für Kritik. Aber dass man Angst vor einer vorzeitigen Todesfeststellung wegen Organmangel haben müsste, ist in unserem System, so wie ich es kennengelernt habe, keine realistische Sorge. Und dass diese in Eurem Podcast, der sicher von vielen sehr ernst genommen wird, geäußert wurde, das ließ mich schon zusammenzucken. Hier überträgt sich das Misstrauen gegenüber manchen Akteuren in diesem Spiel auf einen Bereich, wo das sicher nicht angemessen ist. Dass jemand keine Organ spenden will, weil die Verwendung der Organe nicht ganz koscher läuft, könnte ich verstehen. Aber dass man aus Angst, bei lebendigem Leib seine Nieren zu verlieren, keinen Spendeausweis einsteckt, ist unbegründet.

    Antworten
    1. Katrin

      Hallo Johannes!

      Danke für die Erklärungen. Dass es auch in diesem Bereich quasi Gewaltenteilung herrscht, ist gut zu wissen :-) Ich finde die Angst/Sorge ebenfalls komplett unbegründet. Rückbli… Äh, -höhrend klingt es aber tatsächlich, als beschäftigten wir uns mehr damit. Mist. Du hast Recht, wir hätten klarstellen sollen, warum man sich die nicht machen muss. Notiert als Nachtrag :-)

      Viele Grüße und danke nochmal für den Hinweis!

      Antworten
    1. Katrin

      Hallo Anne, ja und die Auflistung dort haben wir auch angeregt ;-) Die WissPod-er halten zusammen. Danke für das Lob & viele Grüße!

      Antworten

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